Ethylmerkaptan jako těkavá organická sloučenina vyžaduje při skladování přísné dodržování specifických podmínek a předpisů. Za prvé, skladovací prostředí by mělo být chladné, suché a dobře{1}}větrané, přičemž teplota by měla být ideálně udržována pod 0 stupňů, aby se snížilo riziko těkavosti a oxidace. Současně by měl být ethylmerkaptan vzhledem ke své fotosenzitivní povaze skladován na tmavém místě. Skleněné láhve, nádoby z nerezové oceli a hliníkové plechovky jsou ideální nádoby, protože účinně prodlužují trvanlivost ethylmerkaptanu a zachovávají jeho chemickou stabilitu. Dále je třeba dbát na to, aby nedošlo k smíchání ethylmerkaptanu s jinými chemikáliemi a aby se zajistila bezpečnost, aby se držel mimo zdroje ohně. Personál manipulující s ethylmerkaptanem by měl používat vhodné ochranné prostředky, jako jsou rukavice, brýle a ochranný oděv, aby se zabránilo podráždění a poranění kůže a očí.